Licencja jest wydawana na podmiot, więc jak wszystkie bazy dotyczą tego samego podmiotu to można z nich korzystać na jednej licencji.
Program nie jest przystosowany do pobierania z wielu baz na jednym komputerze. Najlepiej byłoby mieć osobny komputer do każdej bazy.
Klienci w podobnych przypadkach używają obejścia opisanego tutaj:
https://forum.prostapaczka.pl/ogolne/praca-ze-zdalnym-pulpitem-a-ustawienia-plikowe/Dla każdego podmiotu trzeba było by utworzyć użytkownika w systemie Windows i do uruchamiania używać opcji "Uruchom jako...".
Można dla każdego podmiotu używać np. innej skórki, aby odróżnić jakoś instancje.
Ważne też, aby każda baza posiadała odrębną bazę ProstejPaczki.
Niektóre ustawienia przechowywane są w bazie, i mogą przechowywać identyfikatory / nazwy z bazy dla której były konfigurowane.